Nie należy do Bałtyku, jest integralną częścią Morza Północnego. Trzy odcinki granic największej z Cieśnin Duńskich wyznaczają lądy. Cieśnina położona jest między Danią (Półwysep Jutlandzki i wyspa Nørrejyske Ø (Vendsyssel) a południowym wybrzeżem Norwegii i kawałkiem Szwecji na północ od latarni morskiej Pater Noster w Szwecji przy granicy z Norwegią. Czwarty odcinek, zachodni, stanowią wody Morza Północnego, jest to tylko kreska na mapie przebiegająca mniej więcej od duńskiego portu Hantsholm do latarni morskiej Lindesnes w Norwegii. W tych granicach długość cieśniny wynosi ok. 300 km, szerokość: od 110 do 130 km, głębokość: do 809 m. Skagerrak łączy Morze Północne z Morzem Bałtyckim poprzez Kattegat, Sund, Wielki Bełt i Mały Bełt. W dnie Skagerraku prawie do wschodniej granicy przebiega końcowy odcinek tzw. Rynny Norweskiej głębokiej w tym miejscu na ponad 800 metrów co odróżnia Skagerrak od innych cieśnin duńskich gdzie głębokości osiągają tylko kilkadziesiąt metrów. Jedynie Kattegat w rejonie granicy ze Skagerrakiem jest zdecydowanie głębszy. Wybrzeża norweskie i szwedzkie charakteryzują, fiordy, skaliste wysepki i szkiery, duńskie zaś są nizinne i piaszczyste. Temperatura wód powierzchniowych waha się od 1,5–5,0°C w lutym, do 15–17°C w sierpniu, zasolenie zmienne 29–34‰. Prądy morskie: powierzchniowy o prędkości 2–4 km/h płynie do Morza Północnego, głębinowy, zimniejszy i bardziej słony, do Kattegatu i obydwu Bełtów.

Znaczne głębokości, sejsze, upwelling i wyraźnie obserwowane pływy sprzyjają wymianie wód z Morzem Północnym. Pod względem przyrodniczym Skagerrak bardziej klasyfikuje się jako słona zatoka Morza Północnego niż kawałek słonawego Bałtyku. Dzięki czystej wodzie i większemu zasoleniu występują tu gatunki roślin i zwierząt niespotykane w naszym morzu. A te, które żyją w obydwu akwenach osiągają w Skagerraku znacznie większe rozmiary niż ich bałtyccy powinowaci i krewni.

Przy zachodniej granicy Skagerraku odbyła się największa bitwa morska I wojny światowej, znana jako Bitwa Jutlandzka. Niemcy urządzili zasadzkę. Jako przynętę wysłali eskadrę krążowników pod dowództwem admirała Hippera. Po dwóch godzinach za krążownikami wyszła eskadra pancerników obejmująca wszystkie drednoty floty cesarskiej. W trakcie bitwy Niemcy zatopili 14 okrętów brytyjskich razem z 6904 marynarzami. Brytyjczycy zrewanżowali się zatopieniem 11 okrętów i 2551 ludzi. Liczby rannych obydwu stron były zbliżone. Po bitwie wiele uszkodzonych okrętów obydwu stron wycofano z linii i skierowano na naprawę do stoczni. Niemcy ogłosili wielkie zwycięstwo, Brytyjczycy też, ale bez szczególnego entuzjazmu. W wyniku bitwy, pomimo znacznych strat, marynarka brytyjska zachowała gotowość bojową i zdolność do natychmiastowego wyjścia w morze, czego nie można powiedzieć o flocie cesarskiej.

Skagerrak to też rejon tajemniczego zaginięcia „Janosika” – drewnianego, 11-metrowego polskiego jachtu. 15go 1975 roku września opuścił Oslo zmierzając w stronę Kopenhagi i do domu, na Bałtyk. Ostatni raz jednostkę zaobserwowano właśnie w rejonie cieśniny Skagerrak, gdzie żeglowała przy silnej sztormowej pogodzie. Nikt też nie wiedział, co stało się z samą jednostką i jej załogą. Dopiero półtora roku po zaginięciu jachtu kuter rybacki łowiący w okolicach Oslofiordu w swych sieciach znalazł koło ratunkowe, które pochodziło z Janosika. Ostatecznie Izba Morska orzekła, że 16 września 1975 roku s/y Janosik zaginął wraz z całą załogą w cieśninie Skagerrak przy trudnej sztormowej pogodzie. Przyczyna zatonięcia po dziś dzień pozostaje nieznana.